Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 BANF1P3-201ENST00000412556 261 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 FKBP11-202ENST00000444214 630 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SNCB-203ENST00000506696 552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC145207.8-201ENST00000580897 563 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 HIST1H3F-201ENST00000618052 411 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RASGEF1B-202ENST00000335927 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PDE2A-226ENST00000544570 3119 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SERPINF1-201ENST00000254722 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RELL1-201ENST00000314117 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ASNA1-201ENST00000357332 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 MAPK3-204ENST00000395200 997 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 GSTP1-201ENST00000398603 700 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC093627.2-201ENST00000497017 568 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC003686.1-201ENST00000550956 1034 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC009560.1-201ENST00000620208 434 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC109460.1-201ENST00000567209 1478 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 KRT18P9-201ENST00000604826 1300 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 IGLJ3-201ENST00000390324 176 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 OGFR-AS1-201ENST00000431361 668 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TCERG1L-AS1-201ENST00000436942 472 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 IZUMO1R-202ENST00000440961 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SHANK2-210ENST00000449116 939 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 RPS25-202ENST00000527673 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC008687.1-201ENST00000591656 786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 FAM214B-203ENST00000378561 5771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TMEM144-209ENST00000509278 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 IL23A-201ENST00000228534 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 PGAP2-212ENST00000464906 1259 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 C12orf10-207ENST00000549488 840 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CUX1P39880 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CUX1P39880 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms