Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 DLGAP1-214ENST00000539435 2402 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RPTOR-203ENST00000570891 2286 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 EEF1B2-201ENST00000236957 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AAAS-217ENST00000550286 1652 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HTR4-213ENST00000631296 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ATP6V1B1-202ENST00000412314 1805 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms