Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TIGD4-201ENST00000304337 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SPRED1-201ENST00000299084 7780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL928970.1-201ENST00000422679 2923 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GRM1-201ENST00000282753 6622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 FUK-201ENST00000288078 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL589923.1-201ENST00000441473 316 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NNAT-201ENST00000062104 1297 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PNPLA6-202ENST00000414982 4522 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SNX19-201ENST00000265909 6535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 DMTN-209ENST00000517600 1569 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HMOX2-205ENST00000458134 1797 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 BRF1-211ENST00000547530 3358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SRD5A3-201ENST00000264228 4190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TPGS2-201ENST00000334295 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TBX10-201ENST00000335385 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 RABIF-201ENST00000367262 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CRYBG2-210ENST00000527815 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 PSD2-201ENST00000274710 4513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GOLGA8DP-202ENST00000341390 2184 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 GRB2-201ENST00000316615 3181 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC01089-211ENST00000543334 1282 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 HOTAIRM1_1.1-201ENST00000622675 125 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 ABCG4-205ENST00000619701 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CDH23-201ENST00000224721 11139 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CDH23-214ENST00000622827 11122 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 TLN1-201ENST00000314888 8823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 CYP4F3-203ENST00000586182 2338 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 SAPCD2-201ENST00000409687 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
VPS39Q96JC1 AFDN-203ENST00000366806 5962 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.9 ms