Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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TOP3AQ13472 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
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TOP3AQ13472 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
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TOP3AQ13472 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 CFAP52-202ENST00000396219 1912 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
TOP3AQ13472 ACSM1-201ENST00000307493 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
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