Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC6A13-201ENST00000343164 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AGTRAP-206ENST00000452018 809 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC005740.2-201ENST00000511085 419 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RABL6-211ENST00000629216 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DLEU2-201ENST00000235290 1739 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 MBD3L2B-202ENST00000637800 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC026904.3-201ENST00000636550 1530 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RN7SL11P-201ENST00000471305 293 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AL132639.2-202ENST00000553520 467 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AP001043.1-205ENST00000623098 1033 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 PIK3R2-201ENST00000222254 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TCOF1Q13428 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
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