Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 UNC13B-203ENST00000396787 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TYSND1-201ENST00000287078 3644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FBLN1-202ENST00000327858 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 THEMIS2-204ENST00000373927 1082 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AKT1-214ENST00000555528 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.5
HOXD3P31249 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC239800.3-201ENST00000424684 5243 ntTSL 5 BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SEC16A-202ENST00000290037 8982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms