Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PGLYRP3-201ENST00000290722 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC093609.1-201ENST00000434020 952 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC010894.2-201ENST00000444196 561 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC131235.2-201ENST00000445553 1057 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC022098.2-201ENST00000590528 518 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 POU5F1-207ENST00000606567 1236 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PDE8B-205ENST00000346042 3276 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 WFDC5-202ENST00000372789 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 IFNLR1-204ENST00000374419 953 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL627095.1-201ENST00000414775 321 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CCDC12-202ENST00000425441 1097 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LINC01485-202ENST00000520324 566 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC090825.1-202ENST00000560059 665 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PKLR-202ENST00000392414 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CABIN1-202ENST00000337989 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 RNF181-203ENST00000441634 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 B9D1-206ENST00000461069 923 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MIR3188-201ENST00000583494 85 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ZNRD1-204ENST00000376785 754 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL157823.1-201ENST00000403727 628 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 CITED1-209ENST00000453707 998 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 RN7SL23P-201ENST00000484055 275 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ACTBP9-201ENST00000587663 1099 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 WHRN-202ENST00000362057 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ZCCHC13-201ENST00000339534 842 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HIST1H4B-201ENST00000377745 438 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TEX33-203ENST00000405091 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PILRA-205ENST00000453419 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MUSTN1-202ENST00000486659 622 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC106789.1-201ENST00000512927 570 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ANKRD26P1-203ENST00000569528 966 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PCP2-202ENST00000598935 457 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PNPT1-207ENST00000625249 216 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 DZIP1L-204ENST00000469243 2107 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 NCAPH2-201ENST00000299821 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 GYPC-203ENST00000409836 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC011431.1-201ENST00000512971 230 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC011921.1-201ENST00000559739 557 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 HAMP-203ENST00000598398 652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC022001.3-201ENST00000606330 596 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 C1orf87-202ENST00000450089 1307 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 FAM86FP-201ENST00000338711 969 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 DEFB123-201ENST00000376309 467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC092910.2-201ENST00000491262 348 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
COL6A3P12111 AC010422.5-201ENST00000597961 585 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.8 ms