Protein–RNA interactions for Protein: Q9C037

TRIM4, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM4, humanhuman

Predictions only

Length 500 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM4Q9C037 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 GOPC-201ENST00000052569 4590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 FAM114A2-215ENST00000522858 3379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SIPA1L3-201ENST00000222345 7987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 MYLK-201ENST00000346322 5892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC008378.1-201ENST00000521251 496 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC017083.2-201ENST00000608069 979 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 CERS6-202ENST00000392687 6851 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC079447.1-201ENST00000424491 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 PANX2-202ENST00000395842 3051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ARAP1-203ENST00000393605 4778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 FAM219A-201ENST00000297620 3588 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 FER1L4-213ENST00000621044 2778 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
TRIM4Q9C037 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 COLGALT1-201ENST00000252599 3704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 COL1A2-201ENST00000297268 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 UBXN11-206ENST00000374222 2043 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 LINC01782-201ENST00000591212 2908 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 LINC00174-204ENST00000421767 4702 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
TRIM4Q9C037 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.2 ms