Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 COL5A1-AS1-201ENST00000371813 336 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 RBM4B-202ENST00000524637 867 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SLIRP-210ENST00000557431 725 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC008825.2-201ENST00000603374 718 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 AC010547.4-201ENST00000561754 1378 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TCOF1Q13428 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AP000356.1-201ENST00000438893 364 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 BCAS4-201ENST00000358791 1378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 IL27-201ENST00000356897 1044 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 EEF1DP6-201ENST00000449232 372 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
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TCOF1Q13428 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TCOF1Q13428 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
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