Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 LINC00996-201ENST00000477392 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MIR137HG-202ENST00000424528 2639 ntTSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
TRIM28Q13263 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC023090.2-201ENST00000625182 2110 ntBASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ADAMTS17-201ENST00000268070 6207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.83■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RBM38-204ENST00000371219 760 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NEU3-202ENST00000526068 431 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL445288.1-201ENST00000610846 654 ntTSL 4 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ELOA3C-201ENST00000620688 1218 ntAPPRIS P1 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TJP2-202ENST00000377245 4611 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PTOV1-214ENST00000600603 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC145343.1-201ENST00000579629 650 ntTSL 3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms