Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC090502.1-201ENST00000549905 748 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC090502.1-204ENST00000551210 469 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GNRHR2-203ENST00000581100 1187 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 INPP5J-207ENST00000405300 2515 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC15.06■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 FERMT1-201ENST00000217289 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AGER-214ENST00000538695 487 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AGER-215ENST00000620802 737 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RBPMS2-202ENST00000560606 1746 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 NWD2-201ENST00000309447 8325 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 BLOC1S1-205ENST00000551926 531 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DYNLRB2-205ENST00000568035 409 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC009542.2-202ENST00000619004 1067 ntBASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 UNC13A-202ENST00000519716 9838 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
CCDC3Q9BQI4 DIRAS2-201ENST00000375765 4386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.6 ms