Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 GRK6P1-201ENST00000400595 1711 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 HSDL1-201ENST00000219439 3519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC092384.2-204ENST00000565053 2566 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 POLR2B-205ENST00000441246 3839 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 TMPRSS6-202ENST00000381792 3260 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ST20-AS1-201ENST00000560255 4223 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 ITGAV-201ENST00000261023 7030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 BCL10-201ENST00000370580 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 HOXC12-201ENST00000243103 3335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
CCDC42Q96M95 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms