Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 DISC1-209ENST00000439617 7059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PGBD5-201ENST00000391860 10961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RCN2-203ENST00000394885 6347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 ACTBP8-201ENST00000403258 1108 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
HDDC3Q8N4P3 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms