Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.28□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 FAM111A-204ENST00000528737 6189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.28
CHD3Q12873 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AP000866.1-201ENST00000499143 2886 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PMS1-221ENST00000624204 3417 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KIRREL1-204ENST00000368173 7519 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC13.27□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ASPM-201ENST00000294732 6132 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC13.27□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 RAB34-222ENST00000625712 994 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KITLG-202ENST00000347404 1948 ntTSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AIFM2-202ENST00000373248 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC13.27□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TRNT1-201ENST00000251607 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC13.26□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC13.26□□□□□ -0.29
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