Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 FAM172A-204ENST00000505869 1387 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PTPRO-201ENST00000281171 5301 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SNHG11-212ENST00000449351 954 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LINC01595-201ENST00000555406 639 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CCL4L2-214ENST00000617416 1258 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SSH3-201ENST00000308127 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KLHL42-201ENST00000381271 6703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AP001995.1-201ENST00000531784 1157 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FAN1-207ENST00000565466 2304 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms