Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CEP164-201ENST00000278935 5630 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FKBP5-201ENST00000357266 3772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PALLD-215ENST00000512127 2958 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 RBBP8-201ENST00000327155 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ATP2B3-202ENST00000349466 4280 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 HYAL1-209ENST00000618175 2225 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC073082.1-201ENST00000602369 2103 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PRICKLE1-201ENST00000345127 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SYMPK-213ENST00000599460 5449 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FECH-202ENST00000382873 2526 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 TMEM63C-201ENST00000298351 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FO538757.1-201ENST00000623083 1397 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SUSD5-201ENST00000309558 5008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ARHGEF16-201ENST00000378371 2219 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CETN4P-206ENST00000642099 2168 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 YBEY-201ENST00000329319 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 YBEY-206ENST00000397701 744 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 SLED1-202ENST00000512051 380 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KIF3C-201ENST00000264712 5344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
VPS39Q96JC1 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.4 ms