Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC009065.6-201ENST00000568795 456 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC093503.1-201ENST00000593888 495 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CHD2-218ENST00000629346 1249 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 HELLS-212ENST00000630929 400 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 HNRNPABP1-201ENST00000406003 734 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 FOXN3-AS2-201ENST00000554071 1262 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AL355987.1-201ENST00000435202 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LIN54-209ENST00000510557 2257 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SFMBT2-202ENST00000379711 692 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SNORA57-201ENST00000383870 149 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 PHACTR2-204ENST00000397980 745 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC254562.2-201ENST00000428786 667 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 HERC2P11-201ENST00000562845 725 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AC100756.2-201ENST00000569537 736 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 SUCLA2-205ENST00000470760 1445 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
COL6A3P12111 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC006547.1-209ENST00000596334 996 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 C22orf42-201ENST00000382097 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RNF128-201ENST00000255499 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MKRN2-202ENST00000411987 1436 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MRPL33-201ENST00000296102 518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MRPL33-202ENST00000379666 404 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 VENTXP4-201ENST00000449029 958 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 F11R-204ENST00000537746 1245 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SGCE-204ENST00000428696 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 KCNK15-AS1-202ENST00000427303 528 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NMRK2-202ENST00000593949 869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NMRK2-204ENST00000599576 691 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 UBL7-206ENST00000565335 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 POLR2LP1-206ENST00000444785 187 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.7 ms