Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CNOT8-204ENST00000517876 2708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 YIF1B-214ENST00000591784 940 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CNPPD1-202ENST00000409789 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MUC20-201ENST00000320736 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ZBTB7C-201ENST00000535628 4818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 EIF2S2-201ENST00000374980 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
VPS54Q9P1Q0 NUP88-207ENST00000573584 2916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms