Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC012531.2-201ENST00000512206 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 UBE3A-227ENST00000638011 8742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GPER1-202ENST00000397088 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NACC2-201ENST00000277554 6899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GMPPB-201ENST00000308375 3217 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 UROS-203ENST00000368786 1216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DNAJC21-202ENST00000382021 6208 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TIGD2-202ENST00000603357 3217 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIR600HG-201ENST00000449175 5984 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 RWDD4-201ENST00000326397 2641 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
USP39Q53GS9 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms