Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP40Q9NVE5 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP40Q9NVE5 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
USP40Q9NVE5 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms