Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
VPS35Q96QK1 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS35Q96QK1 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms