Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
RPUSD4Q96CM3 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
RPUSD4Q96CM3 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.4 ms