Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHD9Q3L8U1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
CHD9Q3L8U1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CHD9Q3L8U1 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
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