Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHOX2O60902 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
SHOX2O60902 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
SHOX2O60902 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13 ms