Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HDAC4P56524 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
HDAC4P56524 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HDAC4P56524 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HDAC4P56524 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
HDAC4P56524 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MRPL2-201ENST00000230413 899 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RTN4RL1-201ENST00000331238 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC027243.1-201ENST00000559539 758 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 PAQR8-202ENST00000442253 4738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
HDAC4P56524 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms