Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
CUX1P39880 HERPUD2-202ENST00000396081 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FMR1NB-201ENST00000370467 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LGALS3-204ENST00000554715 916 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SHBG-207ENST00000570547 801 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC103808.5-201ENST00000577797 462 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AP005264.3-201ENST00000592370 485 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MIR6756-201ENST00000616240 63 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 DIMT1-201ENST00000199320 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
CUX1P39880 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NR0B2-201ENST00000254227 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LINC01584-201ENST00000562495 676 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 AL031282.1-201ENST00000577672 409 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 HIST1H3C-201ENST00000612966 411 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 NFE2-203ENST00000540264 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
CUX1P39880 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GEMIN7-202ENST00000391951 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC098934.1-204ENST00000430114 631 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 EIF3K-202ENST00000538434 966 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FOS-204ENST00000554617 796 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 HLA-C-210ENST00000640219 976 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL365295.1-203ENST00000435322 566 ntTSL 4 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ALG9-201ENST00000398006 2345 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CYP4F23P-201ENST00000593402 1579 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 AC003102.2-201ENST00000589195 1469 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 APOA1-202ENST00000359492 932 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FCRLB-202ENST00000367944 1172 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 FCRLB-203ENST00000367945 1131 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CUX1P39880 LINC00313-205ENST00000427188 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms