Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 SHOX-202ENST00000381575 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AP000438.1-201ENST00000543624 749 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
CCDC9Q9Y3X0 CYP51A1P3-201ENST00000400072 1428 ntBASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM153A-220ENST00000513554 1437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC234644.1-201ENST00000406065 370 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 ACSL1-208ENST00000507295 2490 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 MRPS22-201ENST00000310776 1120 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AC008969.1-201ENST00000550135 6438 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
CCDC9Q9Y3X0 FERMT2-203ENST00000395631 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.3 ms