Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ACSL1-202ENST00000454703 3636 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
LHX3Q9UBR4 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PGF-202ENST00000405431 666 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GCHFR-206ENST00000561160 572 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC009486.1-201ENST00000569860 813 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC9A3-AS1-206ENST00000607005 435 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SPHK2-202ENST00000340932 2492 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 NAA50-208ENST00000497255 789 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AC015936.2-201ENST00000593177 259 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 STAC-201ENST00000273183 3227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 TBC1D2-205ENST00000465784 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
LHX3Q9UBR4 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.2 ms