Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 HMGXB3-201ENST00000502717 4974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AL627389.1-201ENST00000413508 1182 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AL590617.2-201ENST00000432673 917 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 NOC2LP1-201ENST00000450578 752 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TK1-201ENST00000301634 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 NELFE-201ENST00000375425 1405 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 KRT18P66-201ENST00000452970 1269 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ZNF512B-201ENST00000369888 5919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.96■□□□□ 0.31
COL6A1P12109 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms