Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CALCA-201ENST00000331587 843 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC016700.1-201ENST00000429424 312 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC100850.1-201ENST00000506768 649 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC104758.2-201ENST00000562716 483 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TMEM14B-220ENST00000612333 888 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RXRA-202ENST00000481739 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CCNA1-204ENST00000630422 1751 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ARL4C-202ENST00000390645 4013 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SLC43A1-204ENST00000528450 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PDHB-206ENST00000474765 1503 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 XKR4-203ENST00000622811 3907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CPLX2-202ENST00000393745 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MEMO1-204ENST00000407893 682 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC129492.3-201ENST00000498285 460 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 AC245123.1-202ENST00000612422 1719 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXC9P31274 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms