Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MCF2L2-208ENST00000473233 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 HIST1H2AD-201ENST00000341023 393 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ACTBP11-201ENST00000436287 1126 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GCLM-201ENST00000370238 4857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KCNG3-201ENST00000306078 3824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 NPY-201ENST00000242152 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 SHBG-202ENST00000380450 1271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LINC01939-201ENST00000445279 694 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AC006449.3-201ENST00000620144 563 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 BCS1L-203ENST00000392110 1525 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
USP53Q70EK8 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms