Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GNAO1-205ENST00000563661 1351 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SLC25A20-202ENST00000430379 1576 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TP53I3-203ENST00000407482 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC129926.1-201ENST00000581944 614 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ZNF790-AS1-203ENST00000588906 850 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AP003392.6-201ENST00000607709 325 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MANEAL-201ENST00000329006 1930 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SLC6A9-203ENST00000372306 1926 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ALG1L13P-202ENST00000519320 584 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ALG1L13P-204ENST00000523017 765 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC084781.1-201ENST00000613737 656 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NDUFB11-202ENST00000377811 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FAM90A2P-201ENST00000511144 1395 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 FAM90A25P-201ENST00000528404 1395 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DEF8-219ENST00000567874 1554 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 UBXN7-AS1-201ENST00000442941 386 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AGPAT5P1-201ENST00000455855 1019 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC108199.1-201ENST00000504249 508 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 HTATIP2-205ENST00000530266 713 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 DUX4L46-201ENST00000566845 751 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C8G-201ENST00000224181 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PIGF-202ENST00000306465 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 EIF1AD-211ENST00000533544 965 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PLEKHA8P1-203ENST00000545609 277 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SMIM6-201ENST00000556126 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 SH3BGR-209ENST00000458295 812 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHD9Q3L8U1 CD59-210ENST00000528700 652 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
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