Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KYAT1-202ENST00000320665 1623 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL451042.2-201ENST00000424774 904 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TSACC-208ENST00000481479 741 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MFSD11-218ENST00000591864 446 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 KLK11-210ENST00000600362 759 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LINC00595-217ENST00000635545 549 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FANCA-204ENST00000534992 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 GALNT6-201ENST00000356317 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC133785.1-201ENST00000429282 2824 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MAFB-201ENST00000373313 3393 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FBXL3-201ENST00000355619 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PAX4-201ENST00000338516 1085 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 WDTC1-201ENST00000319394 4819 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AL354877.1-201ENST00000424412 413 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
TCOF1Q13428 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CHRNA7-217ENST00000636603 2012 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
TCOF1Q13428 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
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