Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AGRP-201ENST00000290953 764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 MELTF-201ENST00000296350 3963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 RNF167-214ENST00000576229 1436 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 STX1A-203ENST00000395155 783 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AL450998.2-201ENST00000418525 639 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 RAB34-210ENST00000436730 863 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC008011.2-201ENST00000538113 792 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 ITGA6-201ENST00000264107 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 DNAAF2-201ENST00000298292 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SOX4Q06945 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms