Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 EEF1D-218ENST00000526838 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 NDUFC2-KCTD14-202ENST00000530054 656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MZT1-201ENST00000377818 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PON3-201ENST00000265627 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 KRTAP10-3-201ENST00000391620 971 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MYL3-202ENST00000395869 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC020916.1-201ENST00000587762 1774 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CCDC121-202ENST00000394775 1472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 RCC2P8-201ENST00000502779 1035 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC009779.1-201ENST00000551138 283 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 LINC01629-201ENST00000553613 581 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AC137723.1-201ENST00000584705 709 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 PKD2-201ENST00000237596 5056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
SCAPERQ9BY12 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CALCA-203ENST00000396372 581 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 PFN2-202ENST00000423691 911 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CHID1-202ENST00000429789 1289 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AC015689.1-201ENST00000525365 462 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 NEU3-205ENST00000531619 582 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AC117500.3-201ENST00000537032 666 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CMIP-209ENST00000566513 2288 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 RAN-212ENST00000543796 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
SCAPERQ9BY12 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms