Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RBFOX3-211ENST00000583458 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 COL17A1-201ENST00000353479 5734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DEGS2-201ENST00000305631 4352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NPM1-201ENST00000296930 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TMED5-202ENST00000370282 6104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 TXNDC2-204ENST00000536353 1703 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FCN3-201ENST00000270879 1030 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 FCN3-202ENST00000354982 997 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS39Q96JC1 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms