Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC120114.3-201ENST00000611923 658 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MIRLET7BHG-203ENST00000435439 2264 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 P3H1-202ENST00000296388 2585 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.74□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 NDOR1-202ENST00000371521 2497 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SMAD6-201ENST00000288840 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 BCL9L-201ENST00000334801 10005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 HRAS-202ENST00000397594 1099 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 FXR1-221ENST00000491674 365 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 LILRP2-201ENST00000413439 2127 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MYLK-208ENST00000475616 5745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AFF3-201ENST00000317233 8135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 FO393414.2-201ENST00000405153 598 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
CCDC54Q8NEL0 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.72□□□□□ -0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms