Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ANP32A-203ENST00000465139 2440 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 FOXI2-201ENST00000388920 3217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 TRPM2-AS-202ENST00000456880 2056 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ 0
VPS29Q9UBQ0 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 AL121753.1-201ENST00000444717 529 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 TMEM101-204ENST00000587529 965 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
VPS29Q9UBQ0 FAM198B-203ENST00000585682 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.5 ms