Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DEF8-228ENST00000610455 816 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CUX1-214ENST00000550008 4350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 GRM1-201ENST00000282753 6622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 MRC2-202ENST00000446119 3201 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 APBA1-201ENST00000265381 6534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 OS9-207ENST00000439210 1946 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 KIF1C-201ENST00000320785 7919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PRRT2-202ENST00000358758 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 APBB1IP-202ENST00000376236 2771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 NUP98-203ENST00000359171 7023 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC004223.3-201ENST00000593039 1638 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HSD17B4-222ENST00000515320 2494 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ATXN2L-204ENST00000382686 3739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TEX13C-201ENST00000632600 5095 ntAPPRIS P1 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UPK3A-202ENST00000396082 627 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CT47A11-201ENST00000457020 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC9A3-AS1-204ENST00000606288 791 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 ARNT2-204ENST00000527771 2458 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SLC25A35-201ENST00000380067 2785 ntTSL 2 BASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AC126335.2-201ENST00000623362 4637 ntBASIC17.4■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 RSPH9-202ENST00000372165 2586 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 DEF8-210ENST00000563594 4450 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.38
CCDC112Q8NEF3 SEPT6-204ENST00000360156 2609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 COL11A2-203ENST00000374708 6209 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 MAP2K7-201ENST00000397979 3361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 FBXL19-204ENST00000471231 3641 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 LMBRD1-202ENST00000370577 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 C1R-201ENST00000535233 2211 ntTSL 2 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 MLLT10-201ENST00000307729 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 SCUBE1-202ENST00000360835 9808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 AC073621.1-201ENST00000392730 636 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC17.39■□□□□ 0.37
CCDC112Q8NEF3 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC17.39■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms