Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LGI2-201ENST00000382114 6428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TEX264-205ENST00000416589 1313 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FAM32A-201ENST00000263384 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TBC1D28-201ENST00000345096 2789 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MPP1-204ENST00000393531 1389 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HYAL3-206ENST00000513170 636 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ECM1P1-201ENST00000604092 1279 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GPSM3-207ENST00000375043 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ITPA-201ENST00000380113 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 KLK5-202ENST00000391809 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 MAP1LC3B2-202ENST00000556529 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
TRIM28Q13263 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
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