Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PSORS1C3-201ENST00000412143 593 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ONECUT1-201ENST00000305901 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CLASP2-204ENST00000399362 7282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PNKD-202ENST00000258362 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KDM4A-AS1-204ENST00000439057 686 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 METTL21A-209ENST00000448823 869 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RPSAP52-203ENST00000622976 1023 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ABBA01031660.1-201ENST00000635219 756 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ERO1B-202ENST00000354619 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AFAP1-204ENST00000420658 7768 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 TVP23B-201ENST00000307767 2064 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
CCDC3Q9BQI4 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.3 ms