Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TMEM40-201ENST00000264728 984 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DTX2-206ENST00000430490 2623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CCDC107-204ENST00000378409 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FAM177A1-202ENST00000382406 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 FXYD6-217ENST00000584394 669 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC018635.2-201ENST00000608625 364 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 KDM1A-201ENST00000356634 3033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP27-214ENST00000532891 2604 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 WIF1-201ENST00000286574 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GPD2-201ENST00000310454 6041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LBX1-AS1-201ENST00000430651 2553 ntTSL 2 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 PSORS1C1-206ENST00000547221 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 MRPL34-203ENST00000595444 863 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.74■□□□□ 0.91
CCDC9Q9Y3X0 COX10-AS1-206ENST00000602743 576 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms