Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 UFM1-202ENST00000379649 846 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC131097.2-203ENST00000401641 507 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ALG1L2-201ENST00000425059 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PCDH7-201ENST00000361762 6403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MAGEA4-205ENST00000393920 1721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CPEB3-203ENST00000614585 5789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ANKRD23-202ENST00000331001 2455 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C1orf43-205ENST00000368519 1163 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ANKDD1A-203ENST00000395723 1250 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 KAZN-204ENST00000400797 1295 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 IQSEC3P1-201ENST00000538799 536 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CERNA1-202ENST00000560518 1972 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LHFPL3-201ENST00000401970 1378 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LGI4-202ENST00000392225 2891 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TPD52L2-207ENST00000369927 1094 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CFL1-214ENST00000534769 758 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MIR4750-201ENST00000584564 56 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.6 ms