Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RPF1Q9H9Y2 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
RPF1Q9H9Y2 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
RPF1Q9H9Y2 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms