Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
USP39Q53GS9 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
USP39Q53GS9 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
USP39Q53GS9 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.2 ms