Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
MSX2P35548 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX2P35548 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX2P35548 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSX2P35548 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
MSX2P35548 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
MSX2P35548 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
MSX2P35548 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSX2P35548 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSX2P35548 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSX2P35548 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
MSX2P35548 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSX2P35548 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSX2P35548 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX2P35548 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX2P35548 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX2P35548 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSX2P35548 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSX2P35548 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX2P35548 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX2P35548 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX2P35548 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX2P35548 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
MSX2P35548 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
MSX2P35548 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.8 ms