Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VCANP13611 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
VCANP13611 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
VCANP13611 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
VCANP13611 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCANP13611 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCANP13611 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
VCANP13611 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
VCANP13611 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
VCANP13611 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
VCANP13611 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VCANP13611 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCANP13611 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
VCANP13611 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
VCANP13611 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCANP13611 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCANP13611 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCANP13611 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VCANP13611 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCANP13611 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCANP13611 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCANP13611 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCANP13611 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VCANP13611 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VCANP13611 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VCANP13611 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VCANP13611 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VCANP13611 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms