Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HOOK2-202ENST00000397668 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 VWA1-203ENST00000476993 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 IGHV3-53-201ENST00000390627 571 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AL645608.5-201ENST00000398216 443 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RN7SL11P-201ENST00000471305 293 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC024681.1-201ENST00000521917 487 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PSMD12-202ENST00000357146 2437 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ELAC2-202ENST00000395962 2924 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 VSIG10L2-202ENST00000638636 2304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC008132.1-202ENST00000342005 1389 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZNF48-205ENST00000613509 3339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 COL5A1-AS1-201ENST00000371813 336 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 STX1A-202ENST00000395154 1022 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 LBH-202ENST00000401506 485 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC069218.1-201ENST00000435269 762 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 VKORC1L1-201ENST00000360768 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 MINDY2-202ENST00000450403 4820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL6A1P12109 CCDC116-203ENST00000607942 1913 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms