Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 TMEM239-202ENST00000380585 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 AC082651.1-201ENST00000478468 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 NME2-206ENST00000513177 692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 KSR1-207ENST00000578981 748 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 CRAMP1-202ENST00000397412 7772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 MAP2K6-209ENST00000613873 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
TDP1Q9NUW8 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 FAM21FP-201ENST00000426241 1131 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 PPHLN1-204ENST00000358314 1643 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 LINC01205-202ENST00000497996 1493 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 BLVRA-202ENST00000402924 1161 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AC244669.2-201ENST00000612320 853 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AL354718.3-201ENST00000616414 581 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 DBNDD1-202ENST00000304733 2081 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 NDRG2-209ENST00000397853 2079 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
TDP1Q9NUW8 COL4A3BP-203ENST00000380494 5651 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms