Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 NISCH-202ENST00000420808 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MAP4K1-203ENST00000586296 1363 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 OPA1-203ENST00000361715 6384 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TMEM50A-201ENST00000374358 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 HRAS-204ENST00000417302 1233 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MCCD1P2-201ENST00000423228 335 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 HRAS-205ENST00000451590 1151 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC079140.1-201ENST00000508039 487 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ZFP30-201ENST00000351218 6090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AL365209.1-201ENST00000624418 6473 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 EXO5-203ENST00000372703 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CHID1-215ENST00000528581 1431 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MX1-210ENST00000455164 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GDF11-201ENST00000257868 8657 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AGTPBP1-208ENST00000628899 4222 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms